Il nome Eilean Donan, o isola of Donan, deriva in tutta probabilità dal nome di un santo irlandese del sesto secolo, il vescovo Donan, che raggiunse la Scozia intorno al 580 d.C. La zona in cui è situato il castello presenta numerose chiese dedicate a Donan che, a quanto sembra, avrebbe formato una piccola comunità sull’isola durante il tardo settimo secolo.
La prima struttura fortificata viene realizzata solo all’inizio del tredicesimo secolo al fine di proteggere le terre di Kintail dai Vichinghi che avevano saccheggiato, occupato e controllato gran parte del nord della Scozia e le isole occidentali tra il 800 e il 1266. Dalla metà del tredicesimo secolo, questa zona diventa il ‘regno di mare’ dei Lords of the Isles (I Signori delle isole), è raggiungibile essenzialmente dal mare, ed è controllata dai capiclan, il cui potere è rappresentato dal numero di uomini e galee o ‘birlinns’ che possiedono. Eilean Donan è la struttura difensiva perfetta.
Col passare dei secoli, il castello subisce espansioni e riduzioni in grandezza. Il castello medievale era probabilmente il più grande, con le torri e un muro di cinta che racchiudeva quasi tutta l’isola. Il torrione principale si stagliava nel punto più alto dell’isola. Intorno alla fine del quattordicesimo secolo, l’area occupata dal castello si riduce a circa un quinto di quella originale e, anche se le motivazioni non sono ben chiare, questa riduzione è probabilmente correlata al numero di uomini richiesti per difendere la struttura. Entro il sedicesimo secolo viene aggiunta alla parete orientale una struttura a corona come piattaforma per la nuova arma da fuoco, il cannone.
Eilean Donan è stato anche teatro delle rivolte dei Giacobiti nel diciassettesimo e diciottesimo secolo, culminate nella distruzione del castello …
Nel 1719 il castello viene presidiato per i Giacobiti da una guarnigione di 46 soldati spagnoli, che allestiscono un deposito di polvere da sparo, in attesa dell'arrivo delle armi e del cannone dalla Spagna. Il governo inglese viene a conoscenza della rivolta programmata e manda tre fregate armate fino a denti: la Flamborough, la Worcester e la Enterprise, destinate ad appianare la situazione. Il bombardamento del castello dura tre giorni, anche se con scarso successo dato l'enorme spessore delle pareti del castello, che in alcuni punti supera i 4 metri. Alla fine dei tre giorni, il capitano Herdman della Enterprise manda i suoi uomini sulla terraferma e sconfigge i difensori spagnoli. Dopo la resa, le truppe governative scoprono il magazzino che contiene 343 botti di polvere da sparo, che utilizzano per distruggere i resti del castello…
Per gran parte dei 200 anni successivi, le spoglie rovine del castello rimangono abbandonate per quasi due secoli, in balia delle intemperie, fino a fino a quando il tenente colonnello John MacRae-Gilstrap acquista l’isola nel 1911. Insieme al suo capomastro Farquar Macrae, dedica i successivi 20 anni della sua vita alla ricostruzione del castello di Eilean Donan, riportandolo al suo splendore originale. Il castello viene ricostruito rispettando la planimetria ancora disponibile delle fasi precedenti e la ricostruzione viene ultimata ufficialmente nel luglio 1932.
