Der Name Eilean Donan, bzw. Insel Donan, stammt wahrscheinlich von dem irischen Heiligen, Bischof Donan, der im Jahr 580 n. Chr. nach Schottland kam. In der Umgebung sind ihm mehrere Kirchen geweiht und man kann annehmen, dass er, bzw. frühe Christen, die seiner Lehre folgten, auf der Insel im späten 6. oder frühen 7. Jahrhundert eine kleine Zelle oder Gemeinde bildeten.
Die erste Festung wurde erst im frühen 13. Jahrhundert als Schutz der Ländereien von Kintail gegen Wikingerangriffe auf der Insel erbaut. Diese furchterregenden Angreifer hatten zwischen 800 und 1266 einen Großteil Nordschottlands und der äußeren Hebriden überfallen, besiedelt und zeitweise beherrscht. Ab Mitte des 13. Jahrhunderts waren die westlichen Highlands und die Inseln vor der schottischen Westküste ein separates Seekönigreich der Lords of the Isles (dt. Herren über die Inseln). Hier war das Meer die Hauptverkehrsader, und die Macht der verfeindeten Clan-Oberhäupter wurde an der Zahl der von ihnen befehligten Männern und der Galeeren, den sogenannten birlinns, gemessen. Die Lage von Eilean Donan war für die Verteidigung perfekt geeignet.
Im Verlauf der Jahrhunderte veränderten sich die Ausmaße der Burg immer wieder. Im Mittelalter war die Burg wahrscheinlich am größten mit Türmen und einer Ringmauer, die fast die gesamte Insel umschloss. Auf dem höchsten Punkt der Insel stand der Bergfried. Gegen Ende des 14. Jahrhunderts verringerte sich das Ausmaß der Burg ungefähr auf ein fünftel seiner ursprünglichen Größe, der Grund dafür ist nicht mehr klar ersichtlich. Man nimmt an, dass es mit der Anzahl an Soldaten zusammenhängt, die zur Verteidigung der Burg benötigt wurde. Im 16. Jahrhundert wurde an der Ostmauer ein Hornwerk angebaut, um den neu eingeführten Kanonen eine Schießplattform zu liefern.
Eilean Donan Castle spielte auch eine Rolle bei den Jakobiten-Aufständen im 17. und 18. Jahrhundert, die schließlich die Zerstörung der Burg zur Folge hatten…
1719 waren 46 spanische Soldaten zur Unterstützung der Jakobiten in der Burg stationiert. Sie hatten ein Pulvermagazin erstellt und warteten auf Waffen und Kanonen, die von Spanien geliefert werden sollten. Die englische Regierung hatte von dem geplanten Aufstand Wind bekommen und sandte drei schwer bewaffnete Fregatten, die Flamborough, die Worcester und die Enterprise, um das Ganze niederzuschlagen. Der Beschuss der Burg dauerte drei Tage, war jedoch aufgrund der ungeheuren Ausmaße der an manchen Stellen über 4-Meter-dicken Burgmauern, nur begrenzt erfolgreich. Schließlich schickte Kapitän Herdman von der Enterprise seine Männer an Land und überwältigte so die spanischen Verteidiger. Nach der Kapitulation entdeckten die Regierungstruppen die 343 Pulverfässer und sprengten damit den Rest der Burg in die Luft…
Danach stand die einsame Burgruine fast zwei Jahrhunderte lang verlassen und vernachlässigt da, bis Oberstleutnant John MacRae-Gilstrap die Insel im Jahr 1911 erwarb. Gemeinsam mit seinem Baumeister Farquar Macrae widmete er die nächsten 20 Jahre seines Lebens dem Wiederaufbau von Eilean Donan Castle, und ließ die sie wieder in alter Pracht erstrahlen. Die Burg wurde nach Grundrissen gebaut, die von früheren Phasen erhalten waren, und im Juli 1932 offiziell fertiggestellt.
